三体系费用天差地别的原因主要可以归结为以下几个方面：

一、企业规模与人数

1. 企业规模：企业的规模是影响三体系认证费用的重要因素。大型企业由于员工数量多、部门复杂，认证过程需要投入更多的人力、物力和时间，因此费用相对较高。相反，中小型企业由于规模较小，认证过程相对简单，费用也较低。

2. 实际缴纳社保人数：部分认证机构在计费时会考虑企业实际缴纳社保的人数，因为这与认证的工作量和复杂度直接相关。人数越多，意味着审核的范围更广，需要更多的时间和资源，因此费用也会相应增加。

二、行业与业务复杂度

1. 行业差异：不同行业的企业在认证过程中面临的审核要求和难度不同。例如，制造业由于涉及更多的过程和控制，其认证费用可能相对较高；而服务业则可能因过程较为简单而费用较低。此外，高风险行业如建筑业、能源业等由于要求严格的管理措施，其认证费用也会相应提高。

2. 业务复杂度：企业的业务复杂程度也是影响费用的一个关键因素。业务复杂的企业在认证过程中需要更详细的审核和评估，因此费用会更高。

三、认证机构选择

1. 机构类型与品牌：不同的认证机构在定价策略上存在差异。国际知名的认证机构由于品牌效应和更高的审核标准，其费用通常较高；而国内的一些机构可能为了吸引客户而提供更具竞争力的价格。此外，带有CNAS（中国合格评定国家认可委员会）标志的机构在认证领域具有较高的权威性和认可度，因此其费用也相对较高。

2. 机构经验与服务：经验丰富的认证机构在审核过程中能够提供更全面、深入的服务，但其费用也相对较高。新成立的机构为了在市场上站稳脚跟，可能会通过降低价格来吸引客户。然而，需要注意的是，价格并非选择认证机构的唯一标准，企业的长期发展和品牌信誉同样重要。

四、其他因素

1. 咨询费用：一些企业在进行三体系认证时会选择聘请咨询公司进行辅导和协助。咨询公司的收费标准会根据其服务质量、专业水平和市场定位而有所不同，这也会影响到最终的总费用。

2. 地区差异：不同地区的经济发展水平、市场竞争状况以及认证机构的分布情况等因素也可能对认证费用产生影响。例如，在发达地区如北上广深等城市，由于认证机构众多且竞争激烈，其费用可能相对较高；而在其他地区则可能相对较低。

综上所述，三体系费用天差地别的原因是多方面的，企业在选择认证机构和进行认证前需要充分了解相关因素并综合考虑自身实际情况和需求。